Per il periodo 2000-2006, il Programma Interreg Alcotra dispone di una dotazione finanziaria pari a 157.545.687 euro e il contributo comunitario globale, a carico del Fondo Europeo di Sviluppo Regionale, ammonta a 63.340.000 euro.

Per l'Italia la disponibilità finanziaria è di 95.363.114 euro e 62.182.543 euro per la Francia.