L'iniziativa Interreg III fa parte dei programmi di cooperazione transeuropea previsti per il periodo di programmazione dei fondi strutturali e di coesione 2000-2006 e formalmente notificata dalla Commissione Europea in data 23 maggio 2000 (2000/C 143/08).

Il Programma d'Iniziativa Comunitaria Interreg III A Alcotra è stato notificato dalle amministrazioni italiane e francesi alla Commissione Europea in data 4 dicembre 2000 e approvato ufficialmente in data 12 novembre 2001 con decisione (CE)01/2768.

Alcotra fa parte della sezione A (cooperazione transfrontaliera) dei Programmi di iniziativa comunitaria Interreg ed è il terzo programma di cooperazione tra Italia e Francia che interessa i territori situati lungo il confine continentale tra i due Stati.

I due precedenti periodi di programmazione hanno cofinanziato 409 progetti per un totale di 220 milioni di euro destinati alla cooperazione transfrontaliera e allo sviluppo dei territori di confine, questi i risultati in sintesi:

•  Interreg I ha finanziato 141 progetti per un totale di 60,9 milioni di euro

•  Interreg II ha finanziato 268 progetti per un totale di 159,1 milioni di euro

Le principali differenze rispetto ad Interreg II si traducono non soltanto nelle scelte di contenuto (definizione degli obiettivi, delle priorità e delle strategie), ma anche nella semplificazione, trasparenza ed efficacia delle procedure di attuazione del programma (dalla preparazione alla realizzazione dei progetti, fino al controllo e alla valutazione).

Per quanto concerne le procedure, il programma prevede una netta accentuazione del carattere transfrontaliero e congiunto dei dispositivi in materia di organizzazione dei flussi finanziari, della gestione del programma, della presentazione e della selezione delle richieste di finanziamento.