Per rispondere in modo mirato a specifiche esigenze del territorio sia a livello locale, sia su più vasta scala, il programma ALCOTRA 2007-2013 prevede tre procedure attuative:

• Progetti di cooperazione singoli
  
  
• Progetti strategici
  
  
• Piani integrati transfrontalieri (PIT)
  
  

La definizione di un partenariato transfrontaliero è condizione indispensabile per la presentazione di tutti i tipi di progetto.

• Progetti di cooperazione singoli
  
  Proposte puntuali che seguono il tradizionale percorso di attuazione come quello previsto nella programmazione 2000 - 2006: si riferiscono a una sola misura e sono presentati da almeno due partner, uno italiano e uno francese. I partner si impegnano reciprocamente con una convenzione di cooperazione, designando un capofila unico che coordinerà il partenariato e lo rappresenterà di fronte alle istanze del Programma.
  
  
• Progetti strategici
  
  I progetti strategici sono finalizzati ad approfondire problematiche di interesse comune e a valorizzare le potenzialità di sviluppo di particolari ambiti e settori.
  Si tratta di progetti "pubblici" che richiedono competenze di tipo istituzionale e politico, e i cui impatti interessano l'intera area transfrontaliera o gran parte di essa.
  I promotori di tali progetti sono le Regioni e le Province per l'Italia, lo Stato, le Regioni e i Dipartimenti per la Francia.
  
  
• Piani integrati transfrontalieri (PIT)
  
  Piani costituiti da un insieme di progetti di cooperazione singoli che riguardano settori e temi diversi (possono quindi riferirsi ognuno a una differente misura del Programma) ma che hanno un comune obiettivo di sviluppo economico e sociale di uno specifico territorio transfrontaliero. Ogni progetto all'interno di un PIT è autonomo a livello amministrativo e finanziario e segue le stesse regole dei progetti singoli.